O módulo possibilita aos contadores das Unidades Gestoras criticar e dar conformidade aos documentos gerados pelo sistema, como as notas de empenhos, notas de liquidações, ordens bancárias, permitindo o confronto dos documentos físicos com seus respectivos documentos de sistema.

Através de rotinas incluídas neste módulo também é possível verificar se os saldos de determinadas contas contábeis estão de acordo com as regras estabelecidas propiciando o controle tempestivo dos registros.

O Relatório de Controle Interno enviado bimestralmente ao Tribunal de Contas do Estado é gerado com as informações inseridas neste Módulo.